Autopilotem i echosondą steruje się przez aplikację Fish Deeper. Nie ma żadnego limitu co do liczby punktów (interesujących miejsc), jakie możesz zapisać na mapie w aplikacji. Możesz skonfigurować funkcję autopilota Deeper Quest, aby skierował łódkę w dowolny z tych punktów.
Możesz też wybrać prostokątny lub kwadratowy obszar na mapie, a Deeper Quest automatycznie przeskanuje go echosondą i stworzy mapę głębi. Dodatkowo masz opcję utworzenia trasy z punktami
Dodatkowo masz opcję utworzenia trasy z punktami na mapie, przez którą ma przepłynąć Deeper Quest. W tym przypadku limit punktów to 999 (co praktycznie oznacza brak limitu).