Autopilot a sonar se ovládají prostřednictvím mobilní aplikace FishDeeper. Počet bodů (bodů zájmu), které můžete uložit na mapu v aplikaci, není nijak omezen. Zařízení autopilot sonaru Deeper Quest můžete dát pokyn, aby navigovalo k jakémukoli z těchto bodů.
Můžete také vybrat na mapě obdélníkovou nebo čtvercovou oblast a Deeper Quest tuto oblast automaticky prohledá svým sonarem a sestaví mapu hloubky.
Kromě toho máte možnost vytvořit na mapě cestu z bodů, kterou má sonar Deeper Quest následovat. Limit počtu bodů je v tomto případě 999 (jinými slovy, v podstatě neexistuje žádný limit).