De Autopilot en Sonar worden bestuurd via de FishDeeper mobiele app. Er is geen limiet aan het aantal punten (speciale punten) dat je op de kaart in de app kunt opslaan. Je kunt de Autopilot van de Deeper Quest opdracht geven om naar één van deze punten te navigeren.
Je kunt ook een rechthoekig of vierkant gebied op de kaart selecteren, waarna de Deeper Quest dat gebied automatisch met de sonar scant en een dieptekaart samenstelt.
Bovendien kun je een pad van punten op de kaart creëren dat de Deeper Quest moet volgen. De puntenlimiet is in dit geval 999 (met andere woorden, er is eigenlijk geen limiet).