Autopilotas ir sonaras valdomi per FishDeeper mobiliąją programėlę. Programėlės žemėlapyje galite išsaugoti kiek tik norite taškų (dominančių vietų). Deeper Quest autopilotą galima nustatyti plaukti į tuos taškus.
Taip pat galima pasirinkti stačiakampio arba kvadrato formos plotą žemėlapyje, kurią Deeper Quest automatiškai skenuos sonaru, kad sudarytų gylio žemėlapį.
Be to, iš taškų galite sukurti punktyrinį maršrutą, kuriuo Deeper Quest turės plaukti. Šiuo atveju didžiausias taškų skaičius yra 999 (kitaip tariant, iš esmės neribotas).